| index.html | 文件 | 报告网页版入口 |
| index.pdf | 文件 | 报告PDF版 |
| libs | 目录 | 网页配置文件 |
| sup | 目录 | 报告结果，图表存放目录 |
| 01.qc | 目录 | fq质控文件夹 |
| qc_stat.xls | 文件 | 质控统计文件 |
| sample.txt | 文件 | 样本信息 |
| clean | 目录 | 测序reads clean后的质控文件 |
| *.per_base_quality.png | 文件 | clean数据碱基质量分布 |
| *.per_base_sequence_content.png | 文件 | clean数据碱基含量分布 |
| *.per_base_n_content.png | 文件 | clean数据N碱基含量分布 |
| raw | 目录 | 测序原始reads的质控文件 |
| *.per_base_quality.png | 文件 | 原始数据碱基质量分布 |
| *.per_base_sequence_content.png | 文件 | 原始数据碱基含量分布 |
| *.per_base_n_content.png | 文件 | 原始数据N碱基含量分布 |
| 02.map | 目录 | 比对结果统计目录 |
| all.read.distribution.* | 文件 | reads在基因组各区域分布汇总统计图表 |
| map_stat.xls | 文件 | 比对结果统计表 |
| mapRegion | 目录 | 比对区域分布统计目录 |
| *.read.distribution* | 文件 | 各样本reads在各区域的分布图表 |
| readsOnGenome | 目录 | reads在基因组染色体上分布结果目录 |
| *_chrom.* | 文件 | reads在染色体上分布图 |
| 06.exp | 目录 | 表达量结果目录 |
| all_sample_boxplot.p* | 文件 | 所有样本的表达量box图 |
| all_sample_cor.* | 文件 | 根据表达量绘制的样本相关性图表 |
| all_sample_*PKM.txt | 文件 | 样本基因表达量列表 |
| all_sample_reads.txt | 文件 | 样本基因reads统计表 |
| all_sample_pca.p* | 文件 | 样本PCA分析结果图 |
| 07.deg | 目录 | 基因差异表达分析目录 |
| total_deg_group.txt | 文件 | 所有未筛选差异表达的基因表达量以及基因注释结果 |
| total_deg_exp.txt | 文件 | 所有差异表达基因的表达量以及基因注释结果 |
| deg_statistic.txt | 文件 | 差异基因统计表 |
| deg_sample_cor.* | 文件 | 差异基因样本相关性 |
| deg_sample_pca* | 文件 | 差异基因样本PCA分析 |
| deg_sample_3d_PCA* | 文件 | 差异基因样本三维PCA分析 |
| total_deg_heatMap.p* | 文件 | 差异基因样本聚类热图 |
| *_vs_* | 目录 | 各组差异分析结果目录 |
| *_vs_*_deSeq2.txt | 文件 | 各组基因未筛选差异表达的结果 |
| *_vs_*_deSeq2_ann.txt | 文件 | 各组基因未筛选差异表达的注释结果 |
| *_vs_*_deSeq2_ann_deg.txt | 文件 | 各组差异基因不分上下调的注释结果 |
| *_vs_*_deSeq2_volcano.p* | 文件 | 各组差异基因火山图 |
| 08.te | 目录 | 基因差异翻译效率目录 |
| *_vs_*_TE.txt | 文件 | 各组差异翻译效率结果列表 |
| *_vs_*_TE.ann.txt | 文件 | 各组差异翻译效率结果注释列表 |
| *_vs_*_TE_diff.txt | 文件 | 各组差异翻译效率结果列表（只含上下调） |
| *_vs_*_TE_diff.ann.txt | 文件 | 各组差异翻译效率结果注释列表（只含上下调） |
| *_vs_*_TE_diff.ann.html | 文件 | 各组差异翻译效率结果注释列表html格式(只含上下调) |
| *_vs_*_TE_volcano.p* | 文件 | 翻译效率火山图 |
| 09.mrna | 目录 | 基因转录翻译变化目录 |
| *_vs_*_log2fc.txt | 文件 | 各组差异基因转录翻译变化结果列表 |
| *_vs_*_log2fc.ann.txt | 文件 | 各组差异基因转录翻译变化结果注释列表 |
| *_vs_*_log2fc_diff.txt | 文件 | 各组差异基因转录翻译变化结果列表（只含有变化的结果） |
| *_vs_*log2fc_diff.ann.txt | 文件 | 各组差异基因转录翻译变化结果注释列表（只含有变化的结果） |
| *_vs_*log2fc_diff.ann.html | 文件 | 各组差异基因转录翻译变化结果注释列表html格式（只含有变化的结果） |
| *_vs_*_log2fc.p* | 文件 | 转录翻译九象限图 |
| 10.gokegg | 目录 | GOK、EGG分析 |
| rpf | 目录 | RPF差异基因GO、KEGG分析 |
| dteg | 目录 | 与mRNA联合，翻译效率差异基因GO、KEGG分析 |
| with_mrna | 目录 | 与mRNA联合，转录翻译变化基因GO、KEGG分析 |
| *_go | 文件 | GO分析结果，opposite代表反向变化，homo代表同向变化 |
| *_kegg | 目录 | KEGG分析，opposite代表反向变化，homo代表同向变化 |